新年伊始，市立医院的急救医生松冈刚（妻夫木聪饰），接受到这样一名急病患者。高烧、痉挛、呕血，全身感染导致内脏受损……这些都是新型流行性感冒的症状，不过，好象又有一些不太对劲。所有的感染疫苗都无法抑制住病情，最终患者因救治无效死亡。

就在松冈为此感到深深惋惜的时候，事态突然变得严重起来。同事安藤（佐藤浩市饰）为首的一批医务人员，以及住院患者们，接连遭受感染，整个医院转瞬之间，陷入了恐慌。

为了调查及防止感染扩散，世界卫生组织派来了小林荣子（檀丽饰）。见到荣子的松冈，极为吃惊。原来，他们本是一对恋人，后来，荣子赴海外就职，两人因此分手，再未见面。

荣子当机立断隔离了医院大楼，并请求医院拒绝接纳新患者，还提出了无情的“治疗类选法”。最初强行反对荣子的松冈，逐渐开始相信她，并与其并肩作战。

病毒以猛烈的攻势向全国蔓延，仅半年就有两千多万人受到感染，比战争的影响还要可怕。交通网络被切断，城市机能停滞，日本社会面临崩溃。如果病毒向世界蔓延的话，人类将走向灭亡……

感染爆发开始倒计时，人类究竟能否控制住这场恐慌呢？