《显微镜下的大明》由《学霸必须死徽州丝绢案始末》《笔与灰的抉择婺源龙脉保卫战》两个故事组成。其中前者主要讲述了万历年间，一项不公正的税收政策在徽州府引发了旷日持久的混乱，这是一场乱民、县官、州府、户部、首辅、皇帝等诸多利益集团的博弈之局。而龙脉保卫战涉及的则是江西婺源县一场持续了六十四年的经济争端，反映了一个县级官员，是如何在重大议题上平衡一县之利害的。
